Mit dem Machtantritt der Nationalsozialisten 1933 bricht für die Nagels eine schwere Zeit an. Politische Verfolgung, Hausdurchsuchungen, Vernichtung seiner Werke durch die SA und GeStaPo.

Nagel schreibt dazu: „Die paar Mark, die ich hatte waren bald verzehrt und eine Tages saß ich wieder wie in früheren Zeiten auf der Stempelstelle und lebte mit meiner Familie von den 17 Mark Arbeitslosenunterstützung die Woche. Ich war isoliert und innerlich völlig aufgewühlt. Es entstanden damals nur wenige Bilder. Das Selbstbildnis von 1933, das sitzende Mädchen aus dem gleichen Jahr und noch ein paar Ölbilder, die in der gleichen Art gemalt sind.“ Kleine Auftragsarbeiten für Freunde und Bekannte. Blumenstücke helfen bis  ca. 1940 über die schwere Zeit.

„Berlin wird ab heute mein Freiluftatelier“ sagt Otto Nagel als er 1934 ein offizielles Malverbot im Atelier und von sozialkritischen Bildern erhält. Straßen, Plätze und Höfe der Berliner Arbeiterbezirke sind die Motive seiner Pastelle. Selbstbildnisse, Kinderbildnisse und Portraits seiner Frau entstehen. Tochter Sybille schreibt Jahre später in einem Artikel, gehalten als Zwiesprache mit ihrem Vater: „Eingeengt durch das Malverbot hinsichtlich der sozialkritischen Themen ist es vor allem die Selbstdarstellung, die Dich trotz allem in der künstlerischen Betätigung Erfüllung finden lässt. Deine Gesichtszüge zeigen Haltung, Entsetzen, Trotz und Verbitterung."

1935 beziehen die Nagels eine Wohnung am Bahnhof Gesundbrunnen, das Atelier erstmals mit einem Fenster. Malen konnte Otto Nagel hier nur wenig. Die GeStaPo kam immer wieder zu Hausdurchsuchungen, zerschlug vieles, zerstörte Bilder, Inhaftierungen. Trotzdem gab es Atelierausstellungen und bis 1941 eine private Malschule. Und schließlich kommt Nagel in das KZ Sachsenhausen. Wieder zu hause entsteht das ‚Selbstbildnis zwei Stunden nach der Entlassung aus dem KZ‘. Der aufrechte Künstler Otto Nagel schaut den Betrachter selbstbewusst und mit ungebrochener politischer Haltung an. Das, obwohl er innerlich ein zerrütteter Mensch ist, wie ein Foto zeigt, was zeitgleich aufgenommen wurde. 27 Werke Nagels aus dem privaten und öffentlichen Raum fallen der Aktion ‚entartete Kunst zum Opfer, u.a. ‚Meine Mutter im Altersheim‘, ‚Arbeiterbrautpaar‘ und Arbeitsnachweis.

1937 bis 1941 immer wieder Flucht. Die Nagels tauchen bei freunden zeitweilig unter. Im Spreewald, in Vitt auf Rügen und Kitzbühl, Tirol. Käthe Kollwitz, Ernst Bethge, der Arzt Dr. Curt Liebknecht, ein Bruder des ermordeten Karl Liebknecht, und Adolf Behne gehörten zu dem kleinen Kreis, der zu ihm hielt.